Cependant, un conseil de surveillance présidé par le Préfet de région, composé par des élus, de personnes qualifiées et de représentants des usagers, assurera un contrôle de l'ARS. L'ARS passera des conventions avec les Conseils Généraux pour les activités sanitaires, médico-sociales et sociales.
Les directeurs d'ARS seront nommés en juillet 2009. Ils s'appuieront sur 3 préfigurateurs. Ces 3 personnes aideront le futur directeur de l'ARS à mettre en place cette structure pour qu'elle soit opérationnelle le 1er janvier 2010.